Eesti Flöödiühing asutati 1998. aasta lõpul ning peale väikest ettevalmistusperioodi käivitus tegevus avakoosolekuga 27. veebruaril 1999 Tallinna Vanalinna Muusikamajas, mil ühingusse astus ka suur osa tema praegustest liikmetest. EFÜ liikmete arv ulatub nüüdseks üle 70.
EFÜ on mittetulundusühing, mille eesmärgiks on koondada oma ridadesse flöödihuvilisi ning pakkuda neile võimalust enesetäienduseks, infovahetuseks ja meeldivaks seltsieluks. Ühtlasi suunab EFÜ oma tegevust väljapoole, korraldades kontserte, meistriklasse, suheldes meediaga ning levitades muul viisil infot oma ettevõtmiste ja Eesti flöödielu kohta.